Transportasi rel di Jepang terdiri dari kereta api yang berjalan di atas dua rel (shinkansen hingga kereta api ringan dan kereta tenaga manusia), monorel, Automated Guideway Transit, Guideway Bus, bus listrik, kereta api kabel, kereta maglev, dan linear motor car.[1]
Sejak adanya kereta api pertama di Jepang pada zaman Meiji hingga akhir Perang Dunia II, kereta api dan semua relnya dimiliki dan dioperasikan oleh Kementerian Kereta Api. Pemilikan dan pengoperasian kereta api kemudian dialihkan ke perusahaan negara Nippon Kokuyū Tetsudō disingkat Kokutetsu (Japanese National Railways) sebelum dilebur berdasarkan kebijakan swastanisasi perusahaan kereta api dan diteruskan oleh Japan Railways Group yang terdiri dari 7 perusahaan.
Selain dilayani Japan Railways Group (disingkat JR), jalur-jalur kereta api di daerah-daerah tertentu dilayani oleh perusahaan kereta api swasta. Kereta-kereta api swasta di wilayah metropolitan menghubungkan daerah pinggir kota dengan kota metropolitan. Di kota-kota kecil yang jauh dari kota besar, perusahaan berukuran kecil dan sedang mengoperasikan kereta api swasta yang berangkat dari stasiun milik JR ke stasiun milik sendiri, atau menghubungkan stasiun-stasiun milik JR yang tidak dilayani oleh kereta api yang dioperasikan JR.
Kota-kota besar di Jepang dilayani oleh kereta api bawah tanah yang dimiliki dan dioperasikan oleh perusahaan swasta dan perusahaan milik kota. Di daerah-daerah, perusahaan sektor ketiga (perusahaan yang tidak tergolong perusahaan negara atau perusahaan bisnis) mengoperasikan kereta api di jalur-jalur yang tidak lagi dilayani JR karena merugi.